Pierre MARGUERITE C.V.
Ingénieur Bioinformaticien
Informaticien orientation Bioinformatique
Ingénieur d'études et développement
Informations Personnelles
- Sexe: Masculin
- Nationalité: Française
- Age: 26
- Permis B
- Email:
Formation
- 2003-2004 : DESS Bioinformatique, mention Bien - Université des sciences et technologies de Lille.
- 2002-2003 : DEA Informatique : Systèmes et Communication - Université Joseph Fourier / IMAG Grenoble.
- 2000-2002 : Licence d'Informatique - Maîtrise d'Informatique (Option Bio-Informatique/Bio-Mathématiques) mention Assez Bien - Université Joseph Fourier / IMAG Grenoble.
- 1999-2000: DEUG MIAS : Mathématiques, Informatique et Applications aux Sciences, option Informatique - Université Joseph Fourier, Grenoble.
- 1998 :Baccalauréat Scientifique (S) Spécialité : Mathématiques - Lycée du Grésivaudan, Meylan (Isère).
Compétences
| Modélisation des Systèmes d'Information : | Méthodes d'analyse UML, Merise, Formalisme Z0, ZSP |
| Langages de programmation : | Java (J2EE, RMI, Swing, JNI), C, C++, Pascal, Scheme, Ada, Prolog, Lustre, Perl |
| Documents et applications multimédia pour le Web : | HTML, XHTML, CSS, Java (JSP/Servlet, JaxB, JDBC, SAX), PHP, XML (XPATH), XSLT, SMIL, CGI, SOAP (AXIS) |
| Architecture Logicielle et Matérielle : | Langage d'assembleur (SPARC) |
| Système de Gestion de Bases de Données (S.G.B.D.) : | SQL - Oracle, PostgreSQL, MySQL |
| Système d'exploitation : | UNIX, GNU/Linux, Microsoft Windows (95, 98, Me, 2000, XP) |
| Applications à Composant : | Cycle de vie, concepts et mise en oeuvre |
| Bureautique : | Microsoft Office (Access, Excel, PowerPoint, Word) et OpenOffice |
| Environnement de développement: | Eclipse, Xemacs, Vim |
| Outil de développement: | Ant, Maven2, Eclipse, JProbe |
| Algorithmique et techniques de base des systèmes répartis | |
| Architectures en grappe pour le calcul haute performance et le service intensif de données | |
| Modèles en Interaction Homme-Machine | |
| Réseaux neuronaux | |
| Intergiciel (Middleware) |
| Base de connaissances | Biochimie, enzymologie |
| Biostatistiques : R | Biopuces : MIAME, MAGE, Ontologie MGED |
| Microbiologie, Biologie cellulaire et génétique des eucaryotes | génétique, génomique, protéomique, transcriptome |
| Analyse bioinformatique : annotation, data-mining (Weka), phylogénie (Phylip) | Banques de données bioinformatiques:banques généralistes de séquences nucléiques et protéiques, motifs, domaines protéiques, structures 3D, réseaux métaboliques,.. -- EMBL, UniGene, Swiss Prot, PIR, TrEMBL, UniProt, InterPro, SRS, BLAST, Fasta, ClustalW, Dialign, GeneMark, OrfFinder. |
Linguistiques :
- Anglais courant : Six mois au Royaume Uni (Cambridge), Cours d'Anglais dans différents instituts (KING'S COLLEGE, CORK ENGLISH COLLEGE, ...) à Londres, Cork (Irlande) et Edimbourg (été 1999, 2000, 2001, 2002 et 2003).
- Allemand scolaire : lu, écrit, parlé.
Expérience Professionelle
2005-....
-
Projet de visualisation et d'analyse de sequences moléculaires, d'alignements et de structures -VAMSAS@EBI- au sein de l'institut européen de Bioinformatique (Cambridge, RU)Macromolecular Structure Database, EBI, Cambridge (Royaume Uni)
Technologies utilisées: Java, UML, XML, XSLT, XPATH, XML Schemas, Ant, MAVEN2, Linux, Eclipse, TOMCAT, jsp, servelt, Log4j API, CASTOR API, AstexViewer@MSD-EBI, MSD API, SSM server, SOAP web service (SOAP), Perl, AJAX
Expériences en programmation
2003-2004
-
Rendre les standards de description de biopuces accessibles : réalisation d'un module de conversion inter-standard (6 mois - Cambridge, Royaume Uni)Microarray Informatics Team, EBI, Cambridge (Royaume Uni)
Stage de six mois à l'Institut européen de Bioinformatique (E.B.I.) dans l'équipe Microarray (Cambridge, R.U.) (Mai 2004 - Novembre 2004)
Réalisation / compétences mises en oeuvre :
- Animation de réunion hebdomadaire (10-15 personnes)
- Communication en langue anglaise
- Conception et Développement d'une application indépendante dans le langage Java et XML
- Développement d'un XML Schema pour fichier XML
- Connaissance des Ontologies (MGED Ontology - langage DAML+OWL / OWL)
- Utilisation de jxl pour la lecture de fichiers Microsoft Excel
- Préparation de l'intégration dans l'outil de soumission MIAMExpress
Encadrant : Alvis Brazma
Technologies utilisées : Java (JAXB), UML, XML, XSLT, XML Schemas, Ant, Linux, MAGE-stk, Eclipse, C.V.S., DAML+OWL / OWL, jxl, Log4j, Latex, JProbe
Documents: Mémoire, Présentation orale de fin de formation, Présentation de fin de stage en anglais.
-
Projet bioinformatique : Analyse rétrospective de données de biopucesplate forme de génomique fonctionnelle -- Unité inserm U459, Lille (France)
(Février 2004 - Avril 2004)
Encadrant : Pierre-Marie Danzé
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Projet informatique : Conception d'un outil d'administration et de visualisation de la base Ligand (Chemins de réaction biologique) de la banque KEGG
(Janvier 2004 - Février 2004)
Logiciels : UML, PostgreSQL, Perl, JAVA, JSP et XML
-
(Décembre 2003)
Logiciels : Java, JSP, Servelt, Jakarta Tomcat, JDBC, PostgreSQL, Java Swing
Documents : Présentation orale du project, rapport.
2002-2003
-
Déploiement d'un intergiciel en environnement hétérogène à grande échelle
Stage de DEA (9 mois) à l'INRIA Rhône-Alpes, au sein du laboratoire Logiciels, Systèmes, Réseaux (L.S.R.) dans le projet SARDES. (Octobre 2002 - Juin 2003)
Encadrants: Emmanuel Cecchet, Philippe Laumay
Logiciels : Java, Ant
2001-2002
-
Configuration automatique de PC dans les environnements cluster et Intranet
Stage de travaux d'études et de recherche (T.E.R.) (2 mois), poursuivi par un stage d'été : 9 semaines au laboratoire "Informatique et Distribution" (I.D.) de l'ENSIMAG dans l'équipe APACHE (INRIA). (Avril 2002 - Août 2002)
Outil de découverte et de lancement de services sur un réseau, avec qualité de service en cas de panne.
- Conception et développement en langage C utilisant le protocol SLP.
- Modification de l'outil OpenSLP
- Utilisation de HeartBeat
Encadrants: Philippe Augerat,Wilfrid Billot
Logiciels : C, Latex, Doxygen, protocole SLP
2000-2001
-
Création d'un compilateur du langage lax (projet Maîtrise d'Informatique)
Projet issu du cours de Compilation et du cours d'Architecture Logicielle
Développement au sein d'une équipe de quatre personnes
- Compilateur d'un langage pédagogique (LAX)
- Analyse syntaxique, Analyse Lexicale (outils LEX et YACC)
- Génération de l'arbre abstrait
- Génération de Code (en C)
Logiciels : Yac, Lex
-
Assembleur pour langage d'assemblage SPARC
Projet issu du cours d'Architecture Logicielle
Développement au sein d'une équipe de trois personnes
Utilisation de la documentation SPARC RISC
-
Réalisation du jeu "Tablut"
Réalisation du jeu "Tablut", application développée en langage Ada language (Projet Licence d'Informatique)
Jeu de plateau stratégique Tablut
Projet issu du cours de Langages et Programmation
Développement au sein d'une équipe de six personnes
Technologies : ADA 95, X window
Fonctionnalités :
- Interface graphique
- Mode un ou deux joueurs
- Jeu contre l'ordinateur avec choix du niveau de difficulté
- Choix du camp (jeu non symétrique)
- Aide pour choisir un coup
- Fonction "annuler un coup" sans limitation
- Fonction apprentissage par l'exemple (démonstration) - ordinateur vs. ordinateur
Logiciels : Ada
Divers
- Projet de communication : Organisation et tenue d'un stand au village Téléthon 2003 à Lille.
- Trésorier de l'association TATABOX, association des étudiants en DESS Bioinformatique de Lille.
- Titulaire de l'Attestation de Formation aux Premiers Secours (A.F.P.S.) - Brevet Européen des Premiers Secours (BEPS)
Posters
- New components to MIAMExpress - easing submission and visualization of MIAME compliant experiments.
Catherine Leroy, Pierre Marguerite, Bhuwan Tiwari, Niran Abeygunawardena, Sergio Contrino, Anna Farne, Ele Holloway, Gaurab Mukherjee, Helen Parkinson, Tim Rayner, Philippe Rocca-Serra, Susanna-Assunta Sansone, Ugis Sarkans, Alvis Brazma and Mohammadreza Shojatalab Résumé![[pdf]](images/pdf.jpg)