Projet ADF MAGE-ML Tool
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Ce projet a été réalisé durant mon stage de DESS/MASTER (6 mois) à l'EBI (institut européen de bioinformatique). Le stage s'est déroulé de Mai 2004 à Début Novembre 2004.
Le but de ce projet est de vérifier et de convertir les fichiers de données d'agencement de biopuces du format ADF (Array Design File - fichier tabulaire) dans le format MAGE-ML (XML) et dans le sens inverse. L'outil de ce project -- ADF MAGE-ML Tool -- est un logiciel libre, hébergé par Sourceforge.net : http://adfconverter.sourceforge.net. Le projet a une page officielle sur le site de l'E.B.I. : http://www.ebi.ac.uk/adf/.
Ce projet a été présenté dans un poster au cours du meeting MGED7 à Toronto(Canada - Sept. 2004).
Découpage du projet
Le projet est composé de deux parties :
- Vérifier: vérification de fichiers de données (structure des fichiers et du type des données) -- vérification du vocabulaire controlé (termes de l'Ontologie MGED, nom et numéro d'accéssion de base de donnéess - en utilisant une de banques de données de approvées pour ArrayExpress).
- Convertir: Conversion des données d'agencement des données de biopuces d'un format en un autre (après vérification).
Présentation du projet
L'outil a été conçu dans le langage de programmation Java, en utilisant Java MAGE-stk (MAGE software tool kit).
Une présentation orale et un rapport ont conclu le projet, ainsi que mes études en DESS. Ma présentation de DESS est disponible ici (french![[fr]](/images/fr.png)
) (HTML) et le rapport (Français et anglais![[en]](/images/en.png)
)au format pdf ![[pdf]](/images/pdf.jpg)
(environ 1mo) écrit en LateX et utilisant l'éditeur Lyx.
Ce projet a aussi été présenté durant un séminaire du vendredi de l'équipe Microarray (15 Octobre 20004)(diaporama au format Microsoft PowerPoint) ou en html (pour Microsoft Internet Explorer)).
Au cours du développement, l'évolution du projet a été présenté chaque jeudi durant la reunion concernant le travail des stagiaires (slideshare).
Documentation
Specifications
Des specifications préliminaires peuvent être trouvé ici.
Documentation technique
Fichiers
Il n'y a pas actuellement pas de version "stable" disponible. Des versions de développement peuvent être obtenues sur ma page personnelle à l'EBI.
Le projet peut être suivi sur le site sourceforge.net : http://adfconverter.sourceforge.net et une nouvelle version devrait être bientôt disponible ici.
Le projet a été développé avec Sun JAVA J2sdk 1.4.2_05 sous l'environnement de développement Eclipse. L'outil développé n'a pas été testé avec des versions précédentes de Java.
L'outil fonctionne sous environnement GNU/Linux (Debian - Red Hat) et Microsoft Windows XP.
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