Outil de visualisation de la base Ligand

Ce projet a été réalisé durant mes études DESS Bioinformatique de l'université des sciences et technologie de Lille sur une période d'un mois. Il a été réalisé conjointement avec Sabine Carnet, étudiant également en DESS Bioinformatique.

Le Projet

Le but de ce projet est de développer un outil de consultation de la base Ligand de la banque KEGG. L'application a été conçu pour fournit quatres services :

Consultation de fonctions enzymatiques suivant différentes informations
Listes des enzymes apparaisseant dans un chemin de réaction donnée
Recherche de motif dans une séquence de protéine ayant une fonction enzymatique donnée.
Recherche de motif dans une séquence donnée

Parties constituant le projet

Le projet est divisé en deux parties:

Administration:
- Récupération de la base de données ligand et conversion des informations souhaitées au format xml.
  Un script en Perl lit le fichier contenant la base Ligand et crée un fichier en format XML.
- Replissage de la base de données
  Un parseur, écrit en Java, lit le fichier XML créé précedemment et crée les requétes sql de mise à jour de la base de données.
Un base de données sous PostgreSQL est utilisé pour stocker les données.
Coté utilisateur:
- L'interface utilisateur pour consultation de la base de données locale.
  Nous utilisons la technologie Java Server Page (JSP) pour l'interface web. Nous havons alors un serveur Tomcat pour créer les pages dynamiquement.

Project presentation

Une présentation orale et un rapport ont conclu le projet. La présentation est disponible ici. Le rapport en postscript (compressé avec tar/gzip, environ 1.5mo) et au format pdf (environ 1.2mo), crée avec LateX.
Le projet a été développé avec SUN Java J2sdk 1.4.2_03 .
Le projet a été testé sous GNU/Linux (Debian - Mandrake) et sous Microsoft Windows XP (avec cygwin (un environnement similaire à Linux sous Windows, en utilisant la derniére version disponible de PostgeSQL. Le projet peut ne pas marcher sous des versions plus anciennes.

Projet Informatique Carnet Marguerite

Fichiers

Les fichiers du projet peuvent trouvés ici (au format tar/gzip, environ 3 mo, avec l'accord du co auteur Sabine Carnet). Regardez les fichiers README pour l'installation.

Démonstration du projet

La page de test de l'application n'est plus disponible actuellement. ~~Le projet peut être testé sur cette page. Soyez patient , le projet installé sur mon serveur personnel. La connexion peut être lente ou perdue.~~